Leinsamenmehl enthält etwa ein Drittel pflanzliches Eiweiß, wenig Kohlenhydrate, dafür aber reichlich Ballaststoffe. Es besitzt ein sehr gutes Quellvermögen und eignet sich deshalb als Zutat zu Brotteigen und Backwaren aller Art. Es kann den Darm von Rückständen und Parasiten reinigen und sogar helfen, Fett schneller zu verbrennen. Da das Mehl besonders schnell absorbiert wird, kann es helfen, die Schadstoffe aus dem Körper zu leiten. Es mindert die Magensäureproduktion, damit auch die Chance für ein Magengeschwür. Leinsamenmehl enthält Phytoöstrogene, also sekundäre Pflanzenstoffe. Diese Substanzgruppen ähneln in ihrer Struktur und Funktion einer der wirksamen natürlichen Formen des Östrogens und beeinflussen somit den Ausstoß weiblicher Eizellen aber auch die Nebenwirkungen von Wechseljahresbeschwerden. Zudem haben sie antioxidative und das Zellwachstum hemmende Eigenschaften. Mit Sesammehl gemischt hilft es, die Zähne zu schützen.

Beim Backen kann ein Teil des herkömmlichen Mehls durch Leinsamenmehl ersetzt werden, es kann unter Salat, Müsli oder Frischkäse gemischt werden, aber auch zum Andicken von Suppen oder Soßen eingesetzt werden, da es eine erhebliche Menge Flüssigkeit und Fett aufnehmen kann. Ebenso kann man es unter Kuchen- und Brotteig mischen oder obendrauf streuen.